1652 kamen persisch-arabische Vorfahren der Basotho Ponys in die Kapregion von Südafrika, ins Königreich Lesotho (früher Basutoland). Dort entwickelte sich die Rasse. 1894 setzte der erste Schwund ein, als 519 Pferde exportiert wurden. Weitere Exporte folgten. Um 1900 wurden 20 000 Tiere für die Burenkriege eingezogen. Später wurden die Ponys mit anderen Rassen gekreuzt, es gab immer weniger reinrassige Tiere. Die Welternährungsorganisation FAO errichtete 18 Zuchtzentren, die bäuerliche Bestände sichten, registrieren und vermehren.