Als der Michel nach dem Brand von 1906 eine neue Orgel bekam, war das ein Instrument der Superlative: Mit 12 173 Pfeifen, 163 Registern, fünf Manualen und Pedal war das von der Firma Steinmeyer erbaute Instrument weltweit konkurrenzlos. Nachdem sie im Zweiten Weltkrieg erhebliche Schäden erlitten hatte, wurde sie 1962 wiederum von Steinmeyer aus Oettingen durch eine Orgel mit 6665 Pfeifen, 85 Registern, fünf Manualen und Pedal ersetzt. In den nächsten Jahren muss das riesige Instrument restauriert werden. Außerdem erklingen im Michel eine Marcussen-Orgel auf der Nordempore und eine kleine Orgel im Altarraum, die von der Hamburger Firma Grollmann erbaut wurde.