Schweröl ist der übliche Brennstoff für Zweitaktdieselmotoren auf Seeschiffen. Die teerähnliche Substanz gilt als Abfallprodukt von Raffinieren. Im Schiff muss Schweröl, auch als „Bunker C“ bezeichnet, vorgewärmt werden, um überhaupt flüssig durch die Rohrleitungen gepumpt werden zu können. Schweröl enthält eine Vielzahl von Schadstoffen, vor allem eine hohe Konzentration von Schwefel. In küstennaher Fahrt muss es jetzt bereits durch schwefelärmere Brennstoffe ersetzt werden, vor allem in der Nord- und Ostsee oder an den Küsten der USA. 2015 werden die Grenzwerte erneut verschärft.

Marinediesel ist ein Gemisch verschiedener Mitteldestillate, das in Raffinerien speziell für die Seeschifffahrt hergestellt wird. Es enthält deutlich weniger Schwefel als Schweröl, allerdings noch immer 100- bis 500-mal mehr als moderner Diesel für den Straßenverkehr. Viele Reedereien prüfen mittlerweile den Einsatz von tiefgekühltem, verflüssigtem Erdgas (LNG) auch für Langstrecken. Es ist ein relativ sauberer, aber teurer Brennstoff.