Bislang wurden Erkrankungen vorwiegend nach den betroffenen Organsystemen geordnet. Die klassische Einteilung in Herz-, Lungen-, Nervenerkrankungen und so weiter spiegelt sich in den Fachdisziplinen der Mediziner wieder.

Das Exzellenzcluster Entzündungsforschung basiert dagegen auf einem übergeordneten Ansatz, der die Krankheiten nach vier Hauptstörungen einteilt: Entzündungen, degenerative Veränderungen ("Abnutzung"), durch Nervenstörungen bedingte Krankheiten und die Entartung von Zellen, also Krebs.

Experten der beteiligten Institutionen in Kiel, Lübeck, Borstel und Plön diskutieren in den verschiedenen Fachrichtungen komplexe Fälle von Patienten, bei denen Entzündungen eine Rolle spielen. Dazu gehören zum Beispiel auch rheumatische Krankheitsbilder.

Die Mediziner entwickeln individuelle Therapieempfehlungen und therapeutische Experimente.