Die ersten Schutzgebiete im Wattenmeer wurden vor rund 100 Jahren eingerichtet. Im Jahr 1987 begann eine Zusammenarbeit der drei Wattenmeerstaaten Dänemark, Deutschland und Niederlande - die Trilaterale Kooperation zum Schutz des Wattenmeeres. Von 1985 bis 1990 wiesen Niedersachsen, Schleswig-Holstein und Hamburg ihre jeweiligen Wattenmeergebiete als Nationalparks aus. Im Jahr 1991 begann die Diskussion, ob das Wattenmeer es nicht verdienen würde, ein von der Unesco anerkanntes Welterbe-Gebiet zu werden. Ein entsprechender Beschluss wurde 1991 auf der 6. Trilateralen Wattenmeer-Konferenz im dänischen Esbjerg gefasst.

2001 entscheidet sich der Hamburger Senat als erstes beteiligtes Bundesland für ein Welterbe im Wattenmeer. Hamburgs damaliger Umweltsenator Alexander Porschke (GAL) setzte sich für eine Nominierung ein. Im November 2002 entscheidet der Niedersächsische Landtag einstimmig für eine Welterbe-Nominierung. Zwischen 2005 und 2007 erarbeitet eine Welterbe-Arbeitsgruppe mit Teilnehmern aller Bundesländer ein Nominierungsdossier. Im Oktober 2007 stimmt auch das schleswig-holsteinische Kabinett für das Welterbe. Wenige Tage vor Weihnachten im Jahr 2007 wird bekannt, dass die Hamburger Wirtschaftsbehörde erhebliche Bedenken gegen eine Welterbe-Anmeldung hat. Im Februar 2008 bewerben sich die Wattenmeer-Anrainer um den Titel Weltnaturerbe - ohne Hamburg.