Gerade bei Hühnern und Schweinen unterscheidet sich die ökologische Haltung deutlich von der konventionellen.

Jede Legehenne muss vier Quadratmeter Auslauf im Freien haben, im Stall dürfen maximal sechs Hennen pro Quadratmeter gehalten werden (in konventioneller Bodenhaltung neun, in ausgestalteten Käfigen zwölf).

Antibiotika sind nur bei krankem Biogeflügel sehr eingeschränkt erlaubt. Zudem muss bis zur Schlachtung die doppelte Wartezeit eingehalten werden. In konventionellen Ställen ist die Anzahl der Behandlungen nicht begrenzt.

Ein Biomastschwein muss Auslauf haben oder komplett im Freiland leben können, während konventionelle Schweine meist nur in Ställen stehen. Der Biostall muss mit Stroh eingestreut sein, Spaltenböden sind auf maximal 50 Prozent der Fläche beschränkt.

Konventionelle Zuchtsauen müssen, wenn sie Ferkel säugen, oft mehrere Wochen in engen Gitterkästen stehen, damit sie sich nicht hinlegen können. Denn dabei könnte ein Ferkel versehentlich erdrückt werden. Bioschweine werden nur einige Stunden nach dem "Abferkeln" fixiert.