Wegen des Baus der Autobahn 7 und des Elbtunnels musste das Christianeum 1971 umziehen. Seitdem residiert es in einem funktionalistischen Neubau an der Otto-Ernst-Straße in Othmarschen. Das Gebäude wurde nach den Plänen des dänischen Architekten Arne Jacobsen (1902-1971) errichtet. Statt gemauerter Außenwände gibt es großflächige Verglasungen, die den mehr als 1000 Schülerinnen und Schülern in fast allen Gängen den Blick nach draußen ermöglichen.

Die Trägerkonstruktion verleiht dem zweistöckigen Gebäude eine markante äußere Ästhetik. Zudem sah Jacobsens Konzept vor, dass die Innenräume je nach Klassengröße verändert werden können. Seinerzeit wurde überdies vereinbart, dass an dem Bau nichts verändert werden darf, das über die von Jacobsen entworfene Gebäudeflexibilität hinausgeht.