Kritik an dem Einfluss der Landsmannschaften und der Funktionäre der Ostpreußen hatte Dr. Ronny Kabus, der Vorgänger Dr. Joachim Mähnerts, geäußert.

Kabus war von 1991 bis zum Jahreswechsel 2004/2005 Direktor, wurde nach seiner öffentlichen Kritik vom Stiftungsratsvorsitzenden Wilhelm von Gottberg offiziell wegen "Illoyalität" gekündigt.

Seine Meinung bestätigt sah Kabus im November, als das Museum unkommentiert Hirsch-Trophäen zeigte, die der Nazi-Verbrecher Hermann Göring geschossen hatte.

Dazu sagt Dr. Mähnert: "Grundlage meiner Arbeit ist, dass ich wissenschaftlich seriös und unabhängig arbeite. Diese Zusage habe ich vom Stiftungsrat. Mir wird inhaltlich freie Hand gelassen." Wichtig sei jedoch eine gute Kooperation mit den Gremien, da sehe er sich als Mittler zwischen den verschiedenen Interessen. "Wir machen keine Politik", betont Mähnert, "auch wenn mit uns mitunter Politik gemacht wird. Wir verstehen uns als ein Ort der Völkerverständigung und Demokratie."

Neu ist auch die Satzung der Ostpreußischen Kulturstiftung, Träger des Museums: Zukünftig sitzen auch der Museumsdirektor Dr. Joachim Mähnert sowie sein Kollege Wolfgang Freyberg für das Kulturzentrum Ostpreußen in Ellingen mit im Vorstand, dessen Vorsitzender Rolf-Dieter Carl bleibt. Vorsitzender des Stiftungsrats, Kontrolleur der Stiftung, ist weiterhin Wilhelm von Gottberg, der auch Sprecher der Landsmannschaft der Ostpreußen ist.