Die Ilmenau ist eine Bundeswasserstraße und im Eigentum des Bundes. Eine Entwidmung kann nur erfolgen, wenn derjenige zustimmt, der anschließend für das Gewässer zuständig ist. Einigen sich Bund und Land nicht, bleibt der Bund zuständig für Erhalt, Unterhaltung und Verkehrssicherheit.

Niedersachsens Landesregierung hat dem Bund mitgeteilt, dass eine Übernahme für das Land „nicht in Betracht kommt“. Derzeit verhandelt der Bund mit dem Wasserverband der Ilmenauniederung über eine Übertragung.

Ohne die Sanierung der Schleusen und den Neubau weiterer Wehre ist eine Schiffbarkeit der Ilmenau laut einer Machbarkeitsstudie nicht möglich.