In der Exzellenzinitiative des Bundes, deren erste Runde 2012 ausgewertet wurde, kamen Hamburger Hochschulen auf Fördermittel von 36.344Euro pro Professor, im Bundesdurchschnitt waren es 80.000Euro. Damit lagen Hamburgs Hochschulen auf dem vorletzten Platz unter den westdeutschen Ländern.

Als herausragend gelten dennoch der Campus Bahrenfeld rund um das Desy, das sich der Grundlagenforschung im Bereich Physik widmet, die international hoch angesehene Klimaforschung und das Max-Planck-Institut für internationales Privatrecht. Auch die private Bucerius Law School hat einen guten Ruf.

In den Rankings landen die Hamburger Hochschulen allerdings meist im Mittelfeld. Der Präsident der Universität Hamburg, Dieter Lenzen, hat vor einiger Zeit erklärt, dass seine Hochschule nicht mehr an Rankings teilnimmt, weil die an „gravierenden methodischen Mängeln“ litten und Innovationen behinderten.