Als auf dem Gelände des nördlichen Freihafens zwischen Speicherstadt und Norderelbe mit dem Bau der HafenCity begonnen wurde, wurden erstmals in der Stadtgeschichte dafür nicht die nutzlos gewordenen Hafenbecken zugeschüttet. So blieb der historische Sandtorhafen, der 1866 eröffnet wurde, erhalten. Die Kaimauern wurden denkmalgerecht restauriert. Zur Erinnerung an die Geschichte des Ortes wurden Liegeplätze für historische Schiffe gebaut.

Im September 2008 wurde der Traditionsschiffhafen eröffnet. Die 5600 Quadratmeter große, geschwungene Pontonanlage ist 380 Meter lang und bietet Liegeplätze für rund 25 historische Schiffe. Anders als im Museumshafen verlassen die Schiffe ihre Liegeplätze für Ausfahrten.

Die Stiftung Hamburg Maritim betreibt den Traditionsschiffhafen. Zu den stiftungseigenen Schiffen gehören der Lotsenschoner "Nummer 5 Elbe", der Besan-Ewer "Johanna" und die Rennyacht "Heti". Den Betrieb organisieren ehrenamtliche Hafenmeister.