Märklins Unternehmensgeschichte beginnt im Jahr 1859. Vom Flaschnermeister Theodor Friedrich Wilhelm Märklin gegründet, beschäftigte sich die Göppinger Firma zunächst mit der Herstellung von Puppenküchen und Blechspielzeug. 1891 präsentierten die Söhne des Unternehmensgründers auf der Leipziger Frühjahrsmesse erstmals eine Uhrwerkbahn samt Schienenanlage in Form einer Acht. Wenige Jahre später, 1895, folgte mit einer durch Dampf und Elektrizität betriebenen Spielzeugeisenbahn die erste große Innovation der Firma. Ein weiterer Meilenstein war 1935 die Einführung von Modellen mit der Spurweite H0 (Maßstab 1:87), die heute das Hauptgeschäft von Märklin ausmachen.

Der rasante Anstieg der Absatzzahlen von Modelleisenbahnen in den 1950er- und 1960er-Jahren machten Märklin zu einem der weltweit größten Anbieter der Branche. 1972 führte die Firma den Mini-Club im Maßstab 1:220 ein.

Die kleinste elektrische Serieneisenbahn der Welt erregte damals viel Aufsehen. 1984 folgte mit Märklin digital ein System, mit dem Züge unabhängig voneinander auf einer Anlage gelenkt werden konnten. 1997 wurde Trix übernommen.

Konkurrenz aus Fernost und eine Überalterung der Kundschaft setzen dem Modellbahnhersteller allerdings schon seit Jahren schwer zu. 2006 wurde das Familienunternehmen an den Londoner Finanzinvestor Kingsbridge Capital und Goldman Sachs verkauft. Doch die Sanierung misslang, ausgerechnet im Jubiläumsjahr 2009 musste die Firma Insolvenzantrag stellen. Heute beschäftigt Märklin jeweils rund 500 Mitarbeiter in den Werken Göppingen und Györ (Ungarn). Zu der Firma gehören neben der Marke Trix auch der Gartenbahnanbieter LGB, der von Märklin 2007 übernommen wurde. Gelingt der Weg aus der Insolvenz, wird Märklin künftig vom Geschäftsführer Stefan Löbich geleitet.