Seit 2005 besteht die Hamburg Port Authority (HPA). Sie entstand aus mehreren hafenbezogenen Behörden, vor allem aber aus dem Amt für Strom und Hafenbau. Für die HPA, an deren Spitze Jens Meier steht, arbeiten mehr als 1800 Menschen. Die HPA gehört zur Wirtschaftsbehörde.

Zuständig ist die HPA für die Infrastruktur im Hafen von den Kaimauern über die Flächen bis hin zum Ausbaggern der Fahrrinnen. Auch die Hafenbahn mit ihrem Netz von 300 Schienenkilometern, über die die Container ins Hinterland transportiert werden, wird von der HPA gemanagt.

Zu den wichtigsten Aufgaben der Behörde gehört die Diskussion über die Zukunft und neue Chancen des Hafens. Die Ergebnisse werden alle fünf Jahre in einem Hafenentwicklungsplan niedergelegt. Der nächste Entwicklungsplan soll im kommenden Jahr vorgelegt werden.