Im 13. Jahrhundert entstand die Buxtehuder St.-Petri-Kirche in ihrer damaligen Form. In den folgenden Jahrhunderten wurde sie mehrfach umgebaut. Die historischen Grundmauern des Gebäudes an der Langen Straße sind heute nicht mehr erhalten.

1859 kam die Orgel aus der Werkstatt des Unternehmens Philipp Furtwängler & Söhne an ihren Platz. Die Arp-Schnitger-Orgel, die zuvor dort stand, war bei einem Brand zerstört worden.

1982 - 84 wurde die Empore der Furtwängler-Orgel mit Spendengeld nach historischen Vorbildern wieder hergerichtet. Die Holzstützen ersetzten den damaligen Unterbau aus Beton.

Seit 2007 wird der Einbau einer Winterkirche unterhalb der Orgel diskutiert.