Zehn Millionen Euro umfasst das Kapital der Stiftung Lebensraum Elbe. Zwei Drittel zahlte die Stadt, ein Drittel die Hafenbehörde HPA (Hamburg Port Authority). Es soll bis zum Jahr 2019 um 7,5 Millionen Euro aufgestockt werden: Für jeden Quadratmeter zugeschüttetes Hafenbecken zahlt die HPA 7,50 Euro ins Stiftungskapital.

Ein Prozent der für den Hochwasserschutz reservierten Haushaltsmittel (etwa 320 000 Euro pro Jahr) stärken ebenfalls den Kapitalstock.

Vier Prozent des von den Reedern zu zahlenden Hafengeldes (rund zwei Millionen Euro/Jahr) finanzieren die laufende Arbeit der Stiftung.

Im Stiftungsrat sitzen fünf Vertreter der Wirtschaft und des Senats, darunter die HPA, sowie fünf Vertreter von Umweltverbänden, darunter Naturschutzbund, BUND, WWF.