Rudolf Augstein war fünfmal verheiratet und wurde viermal geschieden. Zwei seiner vier Kinder wurden ebenfalls Journalisten. Tochter Franziska (geb. 1964), ausgezeichnet mit dem Theodor-Wolff-Preis, ist Redakteurin bei der "Süddeutschen Zeitung". Dort hat sich auch ihr Bruder Jakob (Jahrgang 1967) profiliert, unter anderem als verantwortlicher Redakteur für die Berlin-Seiten. Beide stammen aus Augsteins dritter Ehe mit der Übersetzerin Maria Carlsson. Julian Augstein (geb. 1973), Maler und Volkswirt, ging aus der Ehe mit der Schriftstellerin Gisela Stelly hervor. Augsteins älteste Tochter Maria Sabine (Jahrgang 1950) hat sich einen Namen als streitbare Rechtsanwältin gemacht.