Der wesentliche Vorteil des JadeWeserPorts liegt in der Tiefe seines Hafenbeckens. Mit 18 Metern ist es so tief, dass alle Containerschiffe dort tideunabhängig abgefertigt werden können. Die Elbe kommt lediglich auf 12,80 Meter, nach der Vertiefung werden es 13,50 Meter sein.

Das Gelände am Jadebusen ist mit 360 Hektar aber deutlich kleiner als in Hamburg, wo sich der Hafen auf einer Fläche von 7216 Hektar erstreckt. Auch die Länge der Kaimauer (Kaje) ist mit 1,7 Kilometern sehr viel kürzer als in der Hansestadt, die insgesamt auf 37,5 Kilometer kommt.

Vier Liegeplätze für Großcontainerschiffe mit einer Länge von bis zu 430 Metern stehen in Wilhelmshaven künftig zur Verfügung. Die jährliche Umschlagkapazität wird bei 2,7 Millionen Standardcontainern liegen. In Hamburg werden 2011 hingegen neun Millionen Boxen umgeschlagen.