Der FC St. Pauli ist für den 39-Jährigen nach zwei Jahren beim SC Paderborn die zweite Station als Cheftrainer im Profifußball. Zuvor war der gebürtige Kasseler im Nachwuchsbereich tätig, unter anderem für den Deutschen Fußball-Bund. Als Aktiver schaffte es Schubert, der erst im Alter von 16 Jahren mit dem Fußballspielen im Verein begann, in die Oberliga. An der Universität seiner Heimatstadt studierte der Hesse Germanistik und Sport. Beim FC St. Pauli unterschrieb er einen bis 2013 gültigen Vertrag.