Eine Dänin namens Ella Flatau, die Anfang der 50er-Jahre mit ihren Kindern und denen der Nachbarn oft ganze Tage im Wald verbrachte, wird heute gern als Erfinderin der Waldkindergärten bezeichnet. Tatsächlich gab es bereits Mitte des 19. Jahrhunderts naturpädagogische Bewegungen in Schweden. In dem skandinavischen Land erfreut sich das Konzept noch heute großer Beliebtheit.

In Deutschland wurde der erste Waldkindergarten 1969 in Wiesbaden gegründet. Allerdings erhielt die Bewegung in Deutschland erst nach der Gründung von Waldkindergärten in Lübeck und Flensburg in den 90er-Jahren Aufschwung. Im Jahr 2000 entstand schließlich der Bundesverband der Natur- und Waldkindergärten in Deutschland (BvNW). Er soll den einzelnen Waldkindergärten bessere Vernetzung bieten. Inzwischen zählt der BvNW über 1400 Waldkindergärten.

Kritiker bemängeln oft die Risiken, denen die Kinder im Wald ausgesetzt seien, vor allem durch Zecken und Fuchsbandwürmer. Die Träger der Waldkindergärten nehmen die Kritik ernst und treffen Schutzmaßnahmen. So dürfen die Kinder nichts essen, was sie im Wald finden. Außerdem werden sie täglich nach Zecken abgesucht.

Inzwischen greift die Idee auch in anderen Ländern der Welt um sich. Außer in den skandinavischen Ländern gibt es heute auch Waldkindergärten in der Schweiz, in Österreich und Spanien sowie außerhalb Europas in Kanada, Japan und Südkorea.