Die Gewebeverträglichkeit ist nicht erforscht. Der Chip kann bei Pferden wandern und Infektionen nach sich ziehen.

Ein Lesegerät ist erforderlich, jedoch international nicht kompatibel. Einige Länder wie China, USA, Russland oder Kanada können den Chip mit ihren Geräten nicht erfassen.

Die FN (Deutsche Reiterliche Vereinigung) befürwortet den Schenkelbrand als internationale Kennzeichnungsmethode.

Zuchtorganisationen gewährleisten eine dreifache Absicherung: Brennen, Diagramme der äußeren Merkmale, Pferdepass und freiwillige DNA-Kartierung (z.B. Haaranalysen).