Von 1937 bis 1940 ist die Kaserne im Stadtteil Eggerstedt auf einer Fläche von 37 Hektar errichtet worden.

Im Mai 1945 besetzten englische Truppen die Gebäude und nutzten sie als Lager für ehemalige deutsche Soldaten. Außerdem wurde von dort die medizinische Versorgung für Angehörige der Vereinten Nationen organisiert. Zeitgleich war die Eggerstedt-Kaserne Sammellager für heimatlose Ausländer.

Bis 1959 bot die Kaserne zeitweise Räume für die Volksschule Eggerstedt, die Kreisberufsschule, die Baltische Universität und die staatliche Handelsschule.

1959 bis 1988 war das Luftwaffenausbildungsregiment in der Eggerstedt-Kaserne untergebracht.

Von 1988 bis 2003 war die Unteroffizierschule der Luftwaffe in der Kaserne stationiert. Diese Einheit wurde im Jahr 2003 in die Marseille-Kaserne in Appen verlegt.