Nahe Kaltenkirchen beginnt die Krückau am Zusammenfluss zweier Bäche. 37 Flusskilometer weiter, hinter Barmstedt und Elmshorn, mündet der Fluss am 1969 gebauten Sperrwerk in die Pagensander Nebenelbe. Der Unterlauf ist ab Elmshorn als Bundeswasserstraße ausgewiesen, gewerbliche Schifffahrt findet dort allerdings nicht mehr statt. Das Einzugsgebiet der Krückau umfasst rund 260 Quadratkilometer.

Im Oberlauf gilt die Krückau als weitgehend naturnah, sie ist als Vorranggewässer für Maßnahmen zur Regeneration ausgewiesen. Zurzeit sucht der Gewässerverband eine Lösung für die Stauanlage an der Rantzauer Mühle in Barmstedt: Nicht alle Fische auf Wanderung können die Staustufe bereits passieren. Die Pinnau ist 41 Kilometer lang, entspringt in Henstedt-Ulzburg und mündet in Haselau in die Elbe. Von der Kreisstadt Pinneberg bis zum Sperrwerk an der Mündung ist die Pinnau als Bundeswasserstraße ausgewiesen, gewerbliche Schifffahrt findet bis Uetersen statt. An der Wulfsmühle nahe Tangstedt am Oberlauf der Pinnau wurden eine Sohlgleite und ein großer, naturnaher Sandfang gebaut. Wandernden Fischen stellen sich daher keine unüberwindbaren Hindernisse mehr entgegen. Die dichte Besiedlung entlang der Pinnau lässt allerdings kaum Platz für Renaturierungsmaßnahmen.