Die Jürgen-Fuhlendorf-Schule hat eine Vergangenheit, die bis an die Anfänge des 20. Jahrhunderts zurückverfolgt werden kann. So wurde 1908 eine sogenannte Höhere Privatschule von wohlhabenden Einwohnern Bad Bramstedts gegründet. Dies war der erste Vorläufer des heutigen Gymnasiums - die Kinder wurden damals noch im Privathaus eines Tischlers unterrichtet.

1922 wurde diese Einrichtung in eine Realschule umgewandelt und bestand in dieser Form bis 1936 fort.

1937 erhielt die Schule ihren heutigen Namen, nachdem sie einer erneuten Strukturreform hin zu einer "Privaten Oberschule für Jungen und Mädchen" unterzogen wurde.

Jürgen Fuhlendorf bewahrte im 17. Jahrhundert die Bauern in Bad Bramstedt vor der Leibeigenschaft, ist daher eine prägende lokalhistorische Persönlichkeit und war prädestiniert als Namenspatron der Schule.

Während des Zweiten Weltkriegs wuchs die Schülerzahl, da aus dem von Bombenangriffen betroffenen größeren Städten viele Familien in ländliche Gebiete flohen. Nach dem Ende des Nationalsozialismus hörte der Unterricht für einige Monat auf, ehe die Schule im November 1945 wieder ihre Türen öffnete.

1950 wurde die "JFS" eine Stiftung öffentlichen Rechts und folglich ein staatliches Gymnasium, dessen Schülerzahl auf mehr als 500 anwuchs.

1972 wurde ein neuer Schultrakt in der Straße Düsternhoop errichtet - dort findet auch heute noch der Unterricht statt. 1989/1990 sowie 2005/2006 wurde dieses Gebäude erweitert, ehe 2011 die vorerst letzten Baumaßnahmen vorgenommen wurden.

Im laufenden Schuljahr zählt die Jürgen-Fuhlendorf-Schule 994 Schüler, die in 39 Klassen von 68 Lehrern betreut werden. Die "JFS" pflegt zudem regelmäßige Austauschprogramme mit St. Petersburg (Russland), Mjölby (Schweden), Drawsko (Polen) und Laval (Frankreich).