1897 wurde sie als Erdholländer mit einem einstöckigen Unterbau und einem hohen Oberbau von eine Mühlenbauer aus Salzhausen erbaut.

In der Mühle wurde Saat gereinigt und Futterschrot hergestellt. Der gewerbliche Mahlbetrieb lief bis Ende der 80er Jahre. Ein spektakulärer Schaden entstand 1988, als während des jährlichen Mühlenfestes ein Flügel infolge Fäulnis zerbrach. Im Jahr 2000 wurden die Holzflügel durch Flügel aus Stahl ersetzt.

Die voll funktionsfähige Eyendorfer Windmühle wird heute auch als Museumsmühle genutzt. Zu festgesetzten Terminen ist die Mühle in Betrieb zu sehen, und jedes Jahr, jeweils am letzten Samstag im Mai, findet das große Mühlenfest statt. Außerdem kann seit Ende 2006 in der Mühle als Außenstelle des Standesamtes Salzhausen geheiratet werden.

Der "Verein zur Erhaltung der Eyendorfer Windmühle e.V." gründete sich am 21.12.1978 im Josthof zu Salzhausen. 2006 ergab sich für den Verein die Gelegenheit, die Mühle von einer Erbengemeinschaft zu erwerben, ohne Schulden aufnehmen zu müssen. Die Kosten für Wartung, Versicherung und kleinere Reparaturen verursachen erhebliche Kosten; bis zu 8500 Euro im Jahr

Diese werden finanziert durch das jährliche Mühlenfest, Hochzeiten, Spenden und Mitgliedsbeiträge. Einzelpersonen kostet es 20 Euro jährlich, Familien 35 Euro.