Gesellschafter der Metronom Eisenbahngesellschaft sind die in Celle ansässige NiedersachsenBahn GmbH (NB), mit 69,9 Prozent, die in Hamburg ansässige BeNEX GmbH, die 25,1 Prozent hält und die Bremer Straßenbahn AG (BSAG) mit fünf Prozent.

Der Mehrheitshalter NB setzt sich zusammen aus den beiden Gesellschaftern "Osthannoversche Eisenbahnen AG" (OHE), Celle, zu 60 Prozent und "Eisenbahnen und Verkehrsbetriebe Elbe-Weser GmbH" (EVB), Zeven, die mit 40 Prozent beteiligt sind.