Im Alltag auf Gemeindeebene ändert sich kaum etwas. Allerdings müssen die Kirchenmenschen sich an einige neue Begriffe gewöhnen. So wird die nordelbische Bezeichnung Kirchenvorstand für die Gemeindeselbstverwaltung jetzt durch Kirchengemeinderat ersetzt. Der Vorsitzende der Landessynode heißt Präses und nicht mehr Synodenpräsident. Zwar sind in der Landessynode alle Kirchenkreise vertreten, allerdings mit insgesamt nur 156 Mitgliedern.

Finanziell hat die Fusion auch Folgen. Der Etat 2012 (ab 1. Juni) umfasst 248 Millionen Euro. Künftig sollen es 420 Millionen für ein ganzes Jahr sein. Es gibt eine Einsparverpflichtung von jährlich drei Millionen Euro. 15 Prozent der Arbeitsplätze in der Verwaltung sollen wegfallen. 3,9 Prozent der Einnahmen der nordelbischen Kirchenkreise müssen in den Osten transferiert werden. Außerdem werden die Kirchengehälter in West und Ost bis 2020 angeglichen.

Der erste Landesbischof soll Anfang 2013 gewählt werden. Der Wahlvorbereitungsausschuss hat sich bereits gebildet und beginnt demnächst, geeignete Kandidaten zu suchen. Weitere Bischofssitze sind: Hamburg, Schleswig, Greifswald. Zum Vorsitzenden der vorläufigen Kirchenleitung der Nordkirche ist der Schleswiger Bischof Gerhard Ulrich gewählt worden. Bereits fusioniert haben die Evangelischen Akademien in Hamburg und Rostock.