Knapp 1300 Mitarbeiter beschäftigt das Desy in Bahrenfeld, weitere 600 am Standort Zeuthen (Brandenburg). Etwa 650 sind Forscher; die anderen arbeiten vor allem in den Werkstätten und in der Verwaltung.

166 Millionen Euro beträgt der Jahresetat des Standorts Hamburg, zu 90 Prozent vom Bund finanziert, zu zehn Prozent von der Stadt.

Jährlich gut 3000 Gastforscher aus 45 Nationen arbeiten am Desy.