Privatschulen im Bezirk Harburg sind die Katholischen Schulen in Harburg, Julius-Ludowieg-Straße, in Wilstorf, Reeseberg 8 und Neugraben, Cuxhavener Straße 379 sowie die Michael Schule (Waldorfschule), Woellmerstraße 1,in Heimfeld. Der Landkreis Harburg zählt ebenfalls insgesamt vier von privaten Trägern geführte Schulen: Die Michaeli Grundschule, Schirwindter Straße 7, in Winsen, die August-Hermann Francke Gesamtschule, Harburger Straße 50, in Dibbersen, die Rudolf-Steiner Waldorfschule, Lange Straße 2 in Kakenstorf sowie die heilpädagogische Elias-Förderschule, Schulweg 1 in Wistedt.

Staatlich anerkannte Schulträger erhalten keine hundertprozentige Förderung. Deshalb müssen Eltern für ihre Kinder in der Regel monatlich Schulgeld bezahlen.