Die Insel Hahnöfersand wird als "Hahnsodtsandt" zum ersten Mal auf der Elbkarte vom Maler und Kupferstecher Melchior Lorichs erwähnt. Der Hamburger Rat hatte den Mann 1567 beauftragt, die Karte zu entwerfen. Vermutlich ist die Insel aber schon im Jahr 1412 während der Cäcilienflut entstanden. Zuvor war sie mit dem Festland, dem Alten Land, verbunden. Im Jahr 1902 kaufte Hamburg die Insel für 250 000 Reichsmark. Staatsrechtlich gehört Hahnöfersand weiterhin zu Niedersachsen.

Die ersten Gefangenen kamen im Jahr 1913 nach Hahnöfersand. Am 20. Juni 1920 wurde die Jugendstrafanstalt gegründet. Der Gefängnisdirektor Christian Koch verfolgte dabei einen neuen Ansatz. Sein Credo war, die jungen Menschen nicht nur wegzusperren, sondern ihnen auch eine berufliche Perspektive zu geben. Sie erlernten vor allem landwirtschaftliche und handwerkliche Berufe.

Die Jugendlichen können heute zum Maler, Lackierer, Maurer, Tischler und Konstruktionsmechaniker ausgebildet werden. Das Frauengefängnis kam 1997 zur Anstalt auf Hahnöfersand hinzu.

Insgesamt bietet das Gefängnis 221 Haftplätze für Jugendliche im Alter von 14 bis 21 Jahren (in Einzelfällen auch älter) und 95 für Frauen.