Das Zoologische Museum umfasst zahlreiche wissenschaftliche Sammlungen mit einem Gesamtumfang von circazehn Millionen Exemplaren. Der weitaus größte Teil davon ist nur Wissenschaftlern zugängig, die im Museum in acht Abteilungen arbeiten: Entomologie (Insekten), Herpetologie (Amphibien und Reptilien), Ichthyologie (Fische), Malakologie (Weichtiere wie z.B. Muscheln), Niedere Tiere I (z.B. Würmer, Nesseltiere), Niedere Tiere II (Krebse), Ornithologie (Vögel) und Säugetiere.

Bei einigen Sammlungen handelt es sich nach Umfang und Bedeutung um sogenannte Weltsammlungen, das heißt, dass die Sammlungen eine hohe wissenschaftliche Reputation unter Forschern weltweit genießen. Dies gilt zum Beispiel für die Sammlung afrikanischer Huftiere der Hamburger Wissenschaftlerin Dr. Henriette Oboussier (1914–1985).

Die Dauer- und Sonderausstellungen für Besucher befinden sich auf 2000 Quadratmeter Fläche der untersten Etage des Museumsgebäudes. Ein Großteil der Ausstellung widmet sich der heimischen Fauna, besonders den Säugern und Brutvögeln. Andere Themen behandeln etwa die Evolution von Paarhufern und Pferden. Das Thema Wale, mit den Skeletten von Pott-, Zwerg-, Schwert- und Grindwal, nimmt einen großen Teil der Ausstellungsfläche ein. In diesem Bereich wird auch der einzige wirklich „deutsche Wal“, der Schweinswal, gezeigt und erklärt. Darüber hinaus treffen Hamburger Besucher im Zooologischen Museum auf „alte Bekannte“ aus dem Tierpark Hagenbeck: Neben Walrossdame Antje und Orang-Utan-Weibchen Leila ist das auch das Panzernashorn Nepali.

Die Zukunft des Museums ist indes weiter ungewiss. In den Plänen der Universität, das Biozentrum Grindel (zu dem das Zoologische Institut und Zoologische Museum gehören) in den Standort des Biozentrums Klein Flottbek zu integrieren, war bisher das Zoologische Museum nicht vorgesehen. Die Hoffnungen vieler Wissenschaftler und Studenten ruhen daher auf der Idee eines großen, fächerübergreifenden Naturkundemuseums, in das die Sammlungen eingebracht werden können.

Zoologisches Museum der Universität Hamburg, Martin-Luther-King-Platz 3; Öffnungszeiten: Di-So 10-17 Uhr, Mo und feiertags geschlossen. Der Eintritt ist frei