Die erste Umwidmung einer evangelischen Kirche in eine andere Konfession geschah während der Besetzung durch Napoleon: 1811 erklärte der französische Präfekt den Kleinen Michel zur römisch-katholischen Kirche, die dem heiligen Ansgar geweiht wurde.

In den letzten Jahren hat es immer wieder konfessionelle Umwidmungen gegeben. So dient die 1965/66 von Friedhelm Grundmann in Hamm erbaute evangelische Simeonkirche, bei der es sich um einen der bedeutendsten Hamburger Sakralbauten der Nachkriegsmoderne handelt, seit 2003 der griechisch-orthodoxen Kirche. Der puristische Innenraum wurde mit byzantinischer Bilderfreude ausgestattet.

Ähnlich verhält es sich mit der Gnadenkirche auf St. Pauli, einem neoromanischen Zentralbau von 1905/07. Seit 2007 wird das markante Gotteshaus von der russisch-orthodoxen Gemeinde genutzt, die ihre Kirche dem heiligen Johannes von Kronstadt geweiht hat. Auch in der prächtigen Marmorkapelle im Schröderstift wird schon seit Langem kein evangelischer Gottesdienst mehr gefeiert. Den Sakralraum, der Ende des 19. Jahrhunderts erbaut wurde und zeitweise auch als Grablege des Stifters Johann Heinrich Schröder diente, teilen sich heute die koptisch-orthodoxe und die äthiopisch-orthodoxe Gemeinde. Die 1927 bis 1929 von Emil Heynen in Barmbek errichtete Bugenhagenkirche ist einer der qualitätvollsten Hamburger Beispiel des Neuen Bauens. Obwohl das Gebäude am heutigen Biedermannplatz erst 1996 bis 1998 mit großem Aufwand restauriert und umgebaut wurde, musste die evangelische Gemeinde es 2004 aus Kostengründen aufgeben. Seit 2007 nutzt die bulgarisch-orthodoxe Gemeinde Hl. Kyrill und Hl. Methodius den Kirchenraum.

Es ist wahrscheinlich, dass es zu weiteren Übernahmen nicht mehr genutzter Kirchen durch andere Konfessionen kommt. So ist zum Beispiel auf der Homepage der rumänisch-orthodoxen Kirchengemeinde Heiliger Johannes der Täufer zu lesen: "Da in Hamburg und Umgebung über 3000 Rumänen leben, wird angestrebt, ein eigenes Kirchengebäude mit Gemeindezentrum, in denen die gebräuchlichen kirchlichen und kulturellen Aktivitäten durchgeführt werden können, zu erwerben oder zu bauen."