Die mehr als 80 Kliniken und Institute des Universitätsklinikums Eppendorf sind in 14 Zentren zusammengefasst: Anästhesiologie und Intensivmedizin, Geburtshilfe mit Kinder- und Jugendmedizin, Innere Medizin, Kopf- und Neurozentrum, Onkologisches Zentrum, Operative Medizin, Psychosoziale Medizin, Zahn-, Mund- und Kieferheilkunde, Diagnostik, Radiologie und Endoskopie, Molekulare Neurobiologie, Experimentelle Medizin, Augenklinik und Universitäres Herzzentrum.

9136 Mitarbeiter waren 2011 am UKE beschäftigt. Davon waren 2241 Ärzte und Wissenschaftler, 2880 Pflegekräfte und Therapeuten. Hinzu kommen 3570 Studierende der Human- und Zahnmedizin und 119 Professoren.

Die Zahl der Patienten ist in den vergangenen Jahren ständig gewachsen. 2011 wurden 343 261 Patienten behandelt, davon wurden 80 451 stationär aufgenommen.

Das UKE erstreckt sich über eine Gesamtfläche von 31 Hektar. Die Stromkosten liegen bei etwa acht Millionen Euro im Jahr, die Heizkosten liegen bei vier Millionen Euro jährlich.