Am 3. Juli 1906 fing der Turm des Michel bei Bauarbeiten am Dachstuhl Feuer und brannte vollständig nieder. Auch das Kirchenschiff brannte bis auf die Grundmauern ab.

Über die Art des Wiederaufbaus gab es heftige Diskussionen. In einer Enquetekommission sprach sich Fritz Schumacher gegen eine Rekonstruktion aus. Trotzdem erfolgte mit Rücksicht auf den Wahrzeichencharakter und den Wunsch der Bevölkerung eine Wiederherstellung in der alten äußeren Form, allerdings mit Stahl und Beton anstelle der früheren leicht brennbaren Holzkonstruktion. Die Bauarbeiten dauerten sechs Jahre. Am 19. Oktober 1912 wurde der Michel wieder eröffnet.