Körperscanner arbeiten im Gegensatz zu Geräten mit Röntgenstrahlung mit Strahlung, die im elektromagnetischen Spektrum zwischen Mikrowellen und Infrarot liegt. Die Wellen durchdringen eine Vielzahl von Materialien, beispielsweise auch Kleidung oder Kunststoffe. Gegenstände, die nicht zum Körper gehören, können auf diese Weise sichtbar gemacht und identifiziert werden.

Die zu durchsuchende Person tritt dabei vor oder in ein Gerät, das wie eine Art Duschkabine aussieht. Die Person wird beleuchtet, das reflektierte Licht von einem Detektor ausgewertet.