Das Hafenbecken ist 1,5 Kilometer lang und 130 Meter breit und damit das größte Hafenbecken der HafenCity. Westlich vom Baakenhafen liegt die Einfahrt zum Magdeburger Hafen, parallel dazu die Norderelbe, gegenüber dem Moldauhafen.

Gebaut wurde das Hafenbecken 1887. Zwischen 1893 und der Fertigstellung des Kaiser-Wilhelm-Hafens wurde es von der Hamburg-Amerikanische Packetfahrt-Actien-Gesellschaft genutzt, später auch von der Reederei der Deutschen Ost-Afrika-Linie und der Tschechoslowakischen Elbe-Schiffahrtsgesellschaft. Bei den Olympischen Sommerspielen 2012, so sah es die Bewerbung Hamburgs vor, hätte auf der südlichen Landzunge das Schwimmstadion entstehen sollen.