Bereits kurz nach dem Umzug 2002 holten den Handball-Sport-Verein Hamburg die Geldsorgen ein, die schon den Vorgängerclub SG Bad Schwartau begleitet hatten. Im Herbst 2004 beliefen sich die Schulden auf mehrere Millionen Euro. Nach der Verhaftung von Boss Winfried Klimek rettete der Medizinunternehmer Andreas Rudolph den Club vor dem Aus. Wegen Lizenzverstößen wurden zu Saisonende acht Punkte abgezogen, der Zwangsabstieg konnte jedoch abgewendet werden.

Im Frühjahr 2014 wurde dem HSV in zwei Instanzen die Bundesligalizenz verweigert. Erst das Schiedsgericht und eine Zusage Rudolphs über fünf Millionen Euro sorgten für die Wende.