Von 1992 bis 2001 war Theo Zwanziger beim Deutschen Fußball-Bund Vorstandsmitglied, Beauftragter für soziale Integration und Vorsitzender im Fußballverbund Rheinland.

Von 2001 bis 2004 war der heute 70-Jährige Präsidiumsmitglied und Schatzmeister des Verbands, von 2004 bis 2006 geschäftsführender DFB-Präsident (Doppelspitze mit Gerhard Mayer-Vorfelder) und von 2003 bis 2006 zugleich Vizepräsident des Organisationskomitees für die WM 2006.

Von 2006 bis 2012 führte Zwanziger den DFB als Präsident.

Von 2009 bis 2015 war Zwanziger Mitglied im Uefa-Exekutivkomitee und von 2011 bis 2015 Mitglied im Fifa-Exekutivkomitee.