Das Johann Heinrich von Thünen-Institut mit seiner Zentrale in Braunschweig wurde 2008 errichtet. Es ist aus drei Bundesforschungsanstalten hervorgegangen, die nach dem Zweiten Weltkrieg gegründet wurden, zum Teil aber noch ältere Wurzeln haben: der Bundesforschungsanstalt für Fischerei (BFAFi), der Bundesforschungsanstalt für Forst- und Holzwirtschaft (BFH) sowie großen Teilen der Bundesforschungsanstalt für Landwirtschaft (FAL).

Damit kann das Thünen-Institut auf eine mehr als 60 Jahre lange Forschungsgeschichte zurückblicken. Die Ahrensburger Abteilung zählt personell zu den kleinen Einrichtungen.