Joachim Philipkowski wurde am 26. Februar 1961 im polnischen Mragowo geboren. 1971 wanderte seine Familie nach vielen vergeblichen Anträgen nach Göttingen aus. Seine Fußballkarriere begann er beim HSV Barmbek-Uhlenhorst, 1977 wechselte er zum FC. St. Pauli.

Sein Motto lautete "Kämpfen und noch einmal kämpfen." Nach seinem langjährigen Einsatz beim 1. FC Nürnberg war er zunächst Amateur- und dann Co-Trainer beim FC St. Pauli. Kurze Zeit war er Cheftrainer, wurde aber entlassen.

Nachwuchschef des FC St. Pauli wurde Philipkowski 2009.