Die erste urkundliche Erwähnung erfolgte 1351 im Kieler Rentbuch als "Sethe" unter der Eintragungsnummer 853. Als Eigentümer wurde Johannes de Sethe geführt. Der Name entwickelte sich über "Zeethe", "Szete", "Seth" und schließlich "Seeth". Ekholt entwickelte sich aus "Eekholt" und "Eckholt".

Die historische Entwicklung geht von einem Bauerndorf mit einem Gehöft im Jahr 1351 aus. 1654 konnten drei Gehöfte nachgewiesen werden. Aufgrund der Urbarmachung von großen Teilen des Ekholter- und des Hammoores waren es bis 1954 insgesamt 30 Bauernhöfe. Ab dann gaben Jahr für Jahr Landwirte auf, weil sie die Kosten der sich entwickelnden Mechanisierung und die in die Höhe schießenden Löhne nicht tragen konnten. Die Flächen wurden von den verbleibenden Bauern übernommen oder fielen an Baumschulen. Seit den 70er-Jahren boomt in der Gemeinde der Pferdefreizeitsport. Heute gibt es diverse Pferdepensionen sowie Zuchtbetriebe, die große Teile der Weideflächen übernommen haben. Ein Zuchtbetrieb gehört Uwe Sauer, dem Goldmedaillengewinner im Mannschaftsdressurreiten bei den Olympischen Spielen 1984 in Los Angeles.

Das Wappen zeigt ein Eichbäumchen mit zwei Eicheln. Es bezieht sich auf die Bedeutung von Ekholt als "Eichengehölz" oder "Eichenwald". Die Eiche hat drei Blätter, die für die ursprünglichen Ortsteile Seeth, Ekholt und Beeklohe stehen. Die zwei Eicheln repräsentieren die namengebenden Teilgemeinden.