Der Bau des Tiefwasserhafens durch Niedersachsen und Bremen war von Anfang an von politischen Eifersüchteleien und Streit begleitet. Die beteiligten Landesregierungen lagen sich immer wieder öffentlich in den Haaren. Der Untersuchungsausschuss des Landtags in Hannover kam 2008 zum Ergebnis, in den gemeinsamen Gremien gebe es "eine Kultur des gegenseitigen Misstrauens". Die Oppositionsparteien SPD und Grüne warfen zudem in einem Minderheitenvotum Bremen massive Einflussnahme und Verstöße gegen das Vergaberecht bei der Auftragserteilung vor. Bremen sei mit Hochtief eng verbandelt gewesen und habe den Zuschlag für den Konzern auch deshalb gewollt, um im Gegenzug beim Neubau der Kaiserschleuse in Bremen Preisnachlässe aushandeln zu können.