Die Stadtgeschichte ist ein Herzstück der Hamburger Museumslandschaft, sie wirkt wie ein Gedächtnis der Stadt. Die umfassende Sammlung zu vielen Themen der Hamburger Geschichte von der Gründung im neunten Jahrhundert bis in die Gegenwart findet der Besucher im Hamburg Museum. Hier ist zum Beispiel auch das ehemalige Südportal der Hauptkirche St. Petri als Museumsbestandteil zu besichtigen. Oder ein 600 Jahre alter Schädel, der von dem legendären Piraten Klaus Störtebeker stammen soll. Von weiterer Bedeutung sind auch die Heimatmuseen einzelner Stadtteile, wie etwa das Museum Elbinsel Wilhelmsburg, das den Umbruch des Stadtteils vom bäuerlichen zum industriellen Leben dokumentiert. Exponate des bäuerlichen Lebens, die über die Natur- und Kulturgeschichte von Wellingsbüttel bis Poppenbüttel Auskunft geben, finden sich im Alstertal-Museum. Und das Museum für Bergedorf und die Vierlande residiert sogar in einem richtigen Schloss, in dem einige Räume original erhalten sind. Auch Handwerksarbeiten sind hier zu sehen.