Der Wischhafener Hafen liegt in der Wischhafener Süderelbe, einem Nebenarm der Elbe, der die Elbinsel Krautsand umschließt. Die geografischen Daten des Hafens sind 53,78 Grad nördliche Breite und 9,33 Grad östliche Länge.

Für Gastlieger reserviert sind zwei Liegeplätze. An der insgesamt 520 Meter langen Schlenglanlage ist es jedoch kein Problem, auch Gruppen mit bis zu 20 Booten unterzubringen, da diese in Päckchen liegen können. Große Gruppen sollten sich unter der Nummer 0152/02 50 80 77 bei Hafenmeister Uwe Raap-Niebler oder beim 1. Vorsitzenden Wolfgang Heinsohn unter 04770/7777 ankündigen.

Die Höhe des Hafengeldes beginnt, je nach Länge des Bootes, bei acht Euro pro Nacht. Strom, Wasser und Leihfahrräder sind im Hafengeld inbegriffen. Die Sanitäranlagen wurden erst kürzlich renoviert. Der Hafen verfügt zudem über einen Mastkran und eine Slipanlage. Abhängig von der Größe des Bootes kostet das Slippen elf oder 16 Euro.

Der Hafen ist tideabhängig und fällt bei Niedrigwasser trocken. Beim Einlaufen sollte auf die im Fahrwasser wendende Fähre Wischhafen-Glückstadt Rücksicht genommen werden.