Im Jahr 1927 übernahm Karstadt das Harburger Unternehmen Emden & Söhne, das schon 1876 gegründet worden war. 1929 kam das Harburger Unternehmen Lindemann & Co. dazu. Aus beiden Häusern wurde Karstadt Harburg.

1944 wurde das Kaufhaus zerstört. Es gab danach ein Lager in Langenbek, dann einen kleinen Ausweichladen von 460 Quadratmetern. Bis 1955 standen wieder 3500 Quadratmeter Verkaufsfläche zur Verfügung.

1962 wurde ein von Grund auf erneuertes Warenhaus eröffnet, Umbauten kamen 1969, 1988, 1998 und 2013. Nach der Karstadt-Insolvenz 2009 kaufte 2010 der Investor Nicolas Berggruen alle deutschen Filialen.