Die Alexander Otto Sportstiftung wurde 2006 mit dem Ziel gegründet, den Sport in Hamburg langfristig zu fördern.

Die Dorit & Alexander Otto Stiftung gründete Otto gemeinsam mit seiner Frau Anfang 2011. Schwerpunkt liegt in der Förderung der medizinischen Forschung, des Gesundheitswesens sowie der Kultur in Hamburg.

Stiftung „Lebendige Stadt“: Im Jahr 2000 gründete Alexander Otto als Geschäftsführer der ECE diese Stiftung. Sie will zur Stärkung der Innenstädte beitragen.