1296 wurden Farmsen und Berne erstmals urkundlich erwähnt, als die Einkünfte beider Dörfer an das Kloster Harvestehude übertragen wurden. Der Name Farmsen geht auf einen fränkischen Siedler namens Fridumar zurück, Berne bedeutet "Bachlauf" und ist von der Berner Au abgeleitet. Seit 1961 heißt der Stadtteil offiziell Farmsen-Berne, nachdem der Name Berne im Groß-Hamburg-Gesetz von 1938 gestrichen worden war.